Identification des protéines à partir d'une électrophorèse sur gel bidimensionnelle basée sur l'empreinte de masse peptidique (PMF) à l'aide d'un spectromètre de masse MALDI-TOF de paillasse

À l’heure actuelle, les techniques de protéomique par fusil de chasse utilisant la spectrométrie de masse par chromatographie liquide sont principalement utilisées comme méthodes à haut débit pour identifier de nombreuses protéines différentes dans le cytoplasme cellulaire. Cependant, ces techniques ne sont pas nécessairement efficaces pour identifier toutes les protéines. En particulier, lors de la manipulation de protéines séparées par électrophorèse bidimensionnelle, etc., les taches protéiques détectées sur le gel d'électrophorèse doivent être liées aux résultats de l'identification des protéines. Pour de telles analyses, il peut y avoir de nombreux cas où l'utilisation de la spectrométrie de masse MALDITOF est plus efficace que l'utilisation de la spectrométrie de masse par chromatographie liquide après un traitement enzymatique des taches protéiques séparées du gel. Cet article présente un exemple d’identification de protéines à l’aide d’une électrophorèse bidimensionnelle et d’un spectromètre de masse MALDI-TOF de paillasse.

 
 

Électrophorèse bidimensionnelle des protéines sériques

0,5 µL de sérum humain ont été dilués dans 100 µL d'eau. Après avoir ajouté une solution méthanol/chloroforme/eau (3:1:4), la solution totale a été centrifugée pour extraire les protéines. Ensuite, les protéines extraites ont été nettoyées avec du méthanol et laissées sécher. Une solution tampon pour l'électrophorèse bidimensionnelle (Swelling Buffer, SHARP) a été mélangée avec des agents réducteurs et des ampholytes, et ajoutée aux protéines pour effectuer une électrophorèse bidimensionnelle à l'aide d'Auto2D (SHARP). L'électrophorèse pour la première et la deuxième dimensions a duré un peu moins de deux heures. Le gel résultant de l'électrophorèse a été coloré au CBB (InstantBlue, Expedeon Ltd.) pour détecter les taches de protéines (Fig. 1).

Two-dimensional Electrophoresis Gel Image of  Human Serum Protein  Red Circles: Separated Spots

Fig.1 Image sur gel d'électrophorèse bidimensionnelle de cercles rouges de protéines sériques humaines : points séparés

 
 

MALDI-TOF MS "MALDI-8020"

Benchtop MALDI-TOF MS "MALDI-8020"

Principales caractéristiques :

  • Mode linéaire (ion positif) MALDI-TOF
  • Laser à semi-conducteurs 200 Hz, 355 nm
  • Chambre de verrouillage de charge pour une introduction rapide des échantillons
  • Nettoyage de source par laser UV (breveté)
  • Conception à faible encombrement/paillasse
  • Fonctionnement silencieux (<55 dB)