Analyse des modifications post-traductionnelles | Analyse des glycopeptides

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Les chaînes de sucre des glycoprotéines jouent un rôle important dans des phénomènes biologiques tels que la transmission de signaux intercellulaires et la reconnaissance moléculaire. Récemment, l’analyse structurelle de la chaîne du sucre a été couramment réalisée par spectrométrie de masse.
Ceci introduit l'analyse du glycopeptide (M5GP : purifié à partir d'un digestat thermolysine de taka-amylase) par spectromètre de masse à temps de vol à piège à ions quadripolaire à ionisation laser.

La MS/MS a été réalisée en utilisant le pic d'ion moléculaire [M+Na ＋ ( m/z 557,6) comme ion précurseur. En plus des pics dérivés du clivage de la liaison peptidique et de la liaison glycosidique, un pic supposé être l' ion O,2 A 5 a été observé à m/z 1 156,4. Une fragmentation de type A est appelée clivage en anneaux croisés et est fréquemment observée dans la spectrométrie de masse des chaînes de sucre.


Le spectromètre de masse à temps de vol à piège à ions quadripolaire à ionisation laser permet l'analyse MS n . Les informations sur la séquence de chaîne de sucre peuvent être obtenues en utilisant MS/MS, MS/MS/MS (MS 3 ), ou supérieur. De plus, les informations sur les fragments obtenues à partir de MS 3 peuvent être utilisées pour confirmer si les ions produits MS/MS (ions précurseurs de MS 3 ) ont été correctement attribués.
A titre d'exemple, les spectres MS 3 sont présentés en utilisant m/z 1 156,4 et m/z 1 036,4 observés en MS/MS comme ions précurseurs. Le fragment M-60 (C2H4O2) spécifique de l'ion 0,2 A a été observé dans le spectre MS 3 pour m/z 1156,4. Le spectre
MS 3 pour m/z 1036,4 présente des ions fragments de clivage d'anneaux croisés de type 3,5 A, en plus des fragments provenant des clivages de liaisons glycosidiques, tels que les ions B 3 et C 3
. Dans la formule développée du M5GP ci-dessous, les ions précurseurs ( O,2 A 5 et B 4 ) dans le spectre MS 3 sont désignés par des lignes pointillées et les ions produits sont désignés par des lignes pointillées.

Spectromètre de masse MALDI-TOF

  • La Prominence nano LC permet une analyse très sensible de la chaîne du sucre. Le système unique de contrôle du flux de reflux améliore la reproductibilité de la séparation, et le logiciel dédié Nano-Assist simplifie l'automatisation et le réglage des paramètres.
  • AccuSpot ajoute automatiquement la matrice et repère les chaînes de sucre séparées par le système Prominence nano sur des plaques MALDI.
  • La séparation et la purification des mélanges de chaînes de sucre par Prominence nano réduisent la suppression des ions par les impuretés.
  • Le logiciel d'analyse fournit un support puissant pour l'analyse structurelle de la chaîne sucrière.