Analyse de séquence de protéines par désintégration à la source à l'aide d'un spectromètre de masse MALDI-TOF de paillasse

Les spectromètres de masse MALDI-TOF sont fréquemment utilisés pour la mesure du poids moléculaire et l'identification des protéines. Pour identifier les protéines à l’aide d’un spectromètre de masse, une digestion tryptique est généralement nécessaire pour la préparation ; cependant, si la protéine est isolée et purifiée, en détectant les ions produits par fragmentation au sein d'une source d'ions (ISD, In-Source Decay), une analyse de séquence de protéines intactes peut être effectuée sans qu'il soit nécessaire de digérer la protéine avec de la trypsine.
Lors de la mesure des poids moléculaires des protéines à l'aide de MALDI, des réactifs (matrices) comprenant de l'acide sinapinique sont normalement utilisés ; cependant, lors de l'analyse de séquence par ISD, le 1,5-diaminonaphtalène (DAN) est utilisé comme matrice. En effectuant une recherche dans une base de données à l'aide des fragments d'ions produits par ISD, par exemple à l'aide de Mascot, les protéines peuvent être identifiées. De plus, en effectuant une recherche d'homologie pour les informations sur les séquences d'acides aminés obtenues à partir des masses d'ions fragments, il est possible de déduire les protéines qui n'ont pas été comparées à la base de données de protéines.
Cet article présente un exemple de mesure des poids moléculaires des protéines et d’analyse de séquence de protéines par ISD à l’aide d’un spectromètre de masse MALDI-TOF de paillasse « MALDI-8020 ».

 

Fig. 1 Spectre de masse d'une trace de protéine (albumine sérique bovine)

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