Method package pour le profilage de la culture cellulaire

LabSolutions - LCMS

Analyse simultanée sous conditions de 125 composés

Cet ensemble de méthodes permet l'analyse de 125 composés en moins de 20 minutes par échantillon. Effectuer une analyse séparément pour chaque groupe de composés tels que les acides aminés et les vitamines rend le profilage des composants de culture cellulaire très laborieux, mais avec ce methode package, un grand nombre de composants du milieu de culture et de métabolites sécrétés peuvent être analysés simultanément.

Par rapport à la version précédente, plusieurs métabolites dérivés des acides aminés, des acides nucléiques et du cycle TCA ont été ajoutés, permettant de collecter des informations de profilage encore plus complètes.



 

Méthode optimisée pour l'analyse du milieu de culture

Les conditions d'analyse prédéfinies exploitent pleinement les capacités de la MS triple quadripôle pour analyser les composants traces tels que les vitamines. D'un autre côté, les conditions d'analyse sont ajustées de sorte que les composants à haute concentration tels que le glucose ou les acides aminés ne soient pas saturés. Il est possible de mesurer une variété de composants du milieu de culture à partir du même flacon.

Remarque : Une série de dilutions doit être créée pour une quantification précise.

 


Analysis of culture supernatant 

 

Méthode prête à l'emploi

L'analyse peut être démarrée sans avoir besoin de préparations longues, telles que l'optimisation des paramètres MS pour chaque composé ou la considération attentive des conditions d'analyse LCMSMS.

Excellente fonctionnalité d'analyse de données

À l'aide du package d'analyse multiomique, il est facile et direct de comparer les changements de quantités composées sur un graphique à barres, d'afficher les changements au fil du temps sur un graphique linéaire, etc.

Il comprend également des fonctions faciles à implémenter pour l'analyse de corrélation, les parcelles volcaniques, etc., réduisant considérablement le temps nécessaire aux processus de goulot d'étranglement tels que l'analyse et la visualisation des données. L'ensemble du flux de travail, de la mesure à l'analyse des données, devient plus fluide et plus efficace.

 



 

Les données obtenues avec l'ensemble de méthodes peuvent être insérées sur la carte métabolique incluse. Il est alors simple de comparer les quantités composées sur un graphique à barres ou d'afficher les changements dans le temps sur un graphique linéaire.



 

Le logiciel d'analyse de données de ce paquet de méthodes est développé sur la base d'outils (gadgets) qui ont été publiés sur la plate-forme de recherche ouverte GARUDA ™, qui est principalement gérée par le Systems Biology Institute, Japon (SBI).



 

Outils d'analyse de données utilisés dans le method package

Volcano Plot
Un outil qui combine un test t (différence statistiquement significative) et une analyse des plis (exemple: différence de valeur moyenne telle que 2 fois ou 1/2) pour visualiser les différences entre les 2 groupes. Le gadget Volcano Plot développé par Shimadzu est inclus dans le package.

VANTED
Outil maintenu à l'Université de Constance, en Allemagne, pour la visualisation et l'analyse des réseaux à travers différents ensembles de données. (Le soutien GARUDA a été développé à l'Université Monash)

iPath
Outil d'analyse de données développé par le Laboratoire européen de biologie moléculaire qui peut être utilisé pour la visualisation de diverses voies métaboliques ou pour la cartographie et la personnalisation de données.

Cytoscape
Outil de bioinformatique développé par le Cytoscape Consortium, utilisé pour visualiser les voies métaboliques, pour intégrer des profils d'expression génique avec des données connexes, etc. Il est particulièrement utile pour analyser les réseaux et visualiser les corrélations.

Liste des composés enregistrés

 
Acides aminés et leurs métabolites Groupe
5-Oxoproline
Alanine
Asparagine
Aspartic acid
Glutamic acid
Glutamine
N-Acetylaspartic acid
4-Aminobutyric acid
4-Hydroxyproline
Arginine
Citrulline
Ornithine
Proline
Putrescine
Argininosuccinic acid
2-Aminobutyric acid
5-Glutamylcysteine
5'-Methylthioadenosine
Cystathionine
Cysteine
Cystine
Glutathione
Homocysteine
Methionine
Methionine sulfoxide
N-Acetylcysteine
Oxidized glutathione
S-Adenosylhomocysteine
Glycine
Serine
Threonine
1-Methylhistidine
3-Methylhistidine
Histidine
Urocanic acid
2-Aminoadipic acid
Hydroxylysine
Lysine
Pipecolic acid
Saccharopine
3-Hydroxyanthranilic acid
5-Hydroxytryptophan
Anthranilic acid
Formylkynurenine
Hydroxykynurenine
Indole-3-acetic acid
Kynurenic acid
Kynurenine
Serotonin
Tryptophan
4-Hydroxyphenyllactic acid
Phenylalanine
Tyrosine
3-Hydroxyisobutyric acid
3-Methyl-2-oxovaleric acid
Isoleucine
Leucine
Valine
Alanyl-glutamine
Glycyl-glutamine
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT
Ala, Asp and Glu MT
Arg MT
Arg MT
Arg MT
Arg MT
Arg MT
Arg MT
Arg MT
Arg MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Cys and Met MT
Gly and Ser MT
Gly and Ser MT
Gly and Ser MT
His MT
His MT
His MT
His MT
Lys MT
Lys MT
Lys MT
Lys MT
Lys MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Trp MT
Tyr MT
Tyr MT
Tyr MT
Val MT
Val MT
Val MT
Val MT
Val MT

Autres Groupe
2-ketoglutaric acid
Acotinic acid
Citric acid
Fumaric acid
Isocitric acid
Lactic acid
Malic acid
Pyruvic acid
Succinic acid
Penicillin G
2-Aminoethanol
Glyceric acid
NAD
O-Phosphoethanolamine
Taurine
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
TCA Cycle
Antibiotics




 
Acides nucléiques et leurs métabolites Groupe
Adenine
Adenosine
Adenosine monophosphate
Deoxyadenosine
Deoxyadenosine monophosphate
Deoxyguanosine
Deoxyguanosine monophosphate
Guanine
Guanosine
Guanosine monophosphate
Hypoxanthine
Inosine
Inosine monophosphate
Uric acid
Xanthine
Xanthosine
Xanthosine monophosphate
3-Aminoisobutyric acid
3-Aminopropanoic acid
Cytidine
Cytidine monophosphate
Cytosine
Deoxycytidine
Deoxycytidine monophosphate
Orotic acid
Thymidine
Thymidine monophosphate
Thymine
Uracil
Uridine
Uridine monophosphate
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Purine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Pyrimidine MT
Sucres Groupe
Gluconic acid                    
Hexose (Glucose)
Sucrose
Threonic acid



Vitamines Groupe
Riboflavin          
Niacinamide
Nicotinic acid
Pantothenic acid
4-Pyridoxic acid
Pyridoxal
Pyridoxalphosphate
Pyridoxine
Biotin
4-Aminobenzoic acid
Folic acid
Choline
Ascorbic acid
Cyanocobalamin
Lipoic acid
B2
B3
B3
B5
B6
B6
B6
B6
B7
B9
B9
B12
C
Vitamin-like
Vitamin-like
Standard interne Groupe
2-Isopropylmalic acid        
 

Remarques et précautions

  1. LabSolutions LCMS Ver.5.97 (ou version ultérieure) est requis
  2. Il est de la responsabilité de l'utilisateur d'adopter des tests de contrôle qualité appropriés à l'aide d'échantillons standard pour confirmer les informations qualitatives et quantitatives obtenues avec ce package de méthode.
 

LabSolutions et LCMS sont des marques commerciales de Shimadzu Corporation
GARUDA est une marque déposée de The Systems Biology Institute.

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